印度尼西亚

由化石及使用工具显示直立人约在150万至3.5万年前生活于印度尼西亚群岛。称之为爪哇猿人。智人约于4.5万年前进入该地区。于2011年在邻国东帝汶发现遗迹，推测在4.2万年前当地居民及有高超的航海技术；由于发现捕捉及食用大量深海鱼如鲔鱼，可能具备跨海至澳大利亚或其他岛屿的技术。
南岛民族由台湾移居东南亚，约于西元前2000年移入印度尼西亚，构成现代多数印度尼西亚人，且遍布于群岛，局限了美拉尼西亚人分布范围，美拉尼西亚人仅分布在印度尼西亚东部。最早于西元前八世纪具备理想的农业环境及掌握水田种稻，促使村庄、城镇、及小型王国于西元1世纪兴起。印度尼西亚航道的战略重要性促进了岛屿间及国际贸易，包括于西元前数世纪时即建立与印度及中国间的贸易关系，贸易也在印度尼西亚历史上具有重要地位。
古代社会

雕刻于婆罗浮屠上的婆罗浮屠船，完成于西元800年。印度尼西亚舷外支架最早可能于1世纪起即远达非洲东岸进行贸易。早在前2世纪后半期，在印度尼西亚群岛出现了最早的国家叶调[4]。由于农业社会发展，于公元三至七世纪，印度尼西亚境内出现多小王国和部落，如达鲁曼、诃陵和古泰等。这些古老王国与中国、印度甚至希腊间有贸易往来。在此时期，印度教已传入印度尼西亚某些地区。
七至十一世纪，海上商业帝国室利佛逝由于贸易而兴盛，而贸易也带入印度教及佛教；于八至九世纪，阿拉伯人几乎取代了印度的商业势力。马打兰王国于达玛旺沙（Dharmavamsa）在位期间曾对室利佛逝发动战争，而后室利佛逝对马打兰王国发动反击。印度注辇王朝崛起，因贸易上与室利佛逝利益冲突加剧而在11世纪初袭击室利佛逝，使室利佛逝逐步没落，至十三世纪更面临湄南河流域素可泰王国及东爪哇信诃沙里的挑战，最后室利佛逝于十四世纪末亡于满者伯夷。八至十世纪间，爪哇岛上的农业佛教国夏连特拉王国及印度教国马打兰王国在此期间历经繁盛至没落，留下了雄伟的遗迹如夏连特拉的婆罗浮屠及马打兰的巴兰班南，十三世纪末十四世纪初，印度尼西亚历史上的大帝国满者伯夷在东爪哇建立，至加查·玛达（Gajah Mada）统治时期，采行扩张政策，版图包含现今大多数印度尼西亚及部分马来西亚地区。郑和下西洋曾经过印度尼西亚，并在马六甲有外交活动。